Jean de Heinzelin était à la fois géologue et archéologue. À Ishango, son objectif était donc double : recueillir des données géologiques
sur l'évolution du lac et archéologiques sur le passé des Hommes.
Il fit creuser par son équipe deux grandes coupes perpendiculaires sur la rive, à la jonction entre le lac et la Semliki.
De cette manière, il pouvait observer la stratigraphie du site, c'est-à-dire les différentes couches de sédiments accumulées au cours du temps. Le creusement de la tranchée s'est fait avec soin
afin de prélever tous les objets archéologiques présents par milliers sur le site.
Le site s'étend sur une beaucoup plus vaste surface que celle des tranchées. Son potentiel scientifique reste donc très riche pour les archéologues du futur.
À la fin de ses fouilles, en 1959, Jean de Heinzelin a pris le soin de protéger la stratigraphie. Il a donc fait placer des parpaings à sa base, et planter des arbustes afin d'éviter son érosion.