Jean de Heinzelin was zowel geoloog als archeoloog. Voor Ishango had hij
dus een tweeledige doelstelling: geologische gegevens verzamelen over de
evolutie van het meer en archeologische gegevens over het verleden van
de mensen.
Hij liet zijn ploeg twee grote sleuven graven, haaks op de oever, waar de
Semliki het meer verlaat. Zo had hij een zicht op de stratigrafie van de
vindplaats: dit zijn de verschillende lagen sedimenten die zich hier in de
loop der tijden opstapelden. De gravers gingen heel zorgvuldig te werk,
zodat ze duizenden archeologische voorwerpen hadden.
De vindplaats strekt zich veel verder van de sleuven uit. Voor toekomstige
archeologen blijven er nog veel wetenschappelijke schatten te ontdekken. Toen
Jean de Heinzelin in 1959 met zijn opgravingen ophield, zorgde hij ervoor dat
het stratigrafisch profiel niet verloren ging. Hij legde stenen blokken bij de
basis en plantte struiken om erosie tegen te gaan.